BNN Kabupaten Belu terbentuk pada bulan Januari 2016. Latar belakang berdirinya BNN Kabupaten Belu adalah program BNN RI dan dikarenakan jumlah pecandu narkoba di Kabupaten Belu semakin meningkat jumlahnya, BNN Kabupaten Belu pada tahun 2016 beralamat di Jalan El Tari Nomor 2 Atambua. BNN Kabupaten Belu sudah mengalami 2 (dua) kali pergantian kepemimpinan, pertama pada tahun 2016 sampai dengan bulan Agustus 2019 dipimpin oleh Ferdinandus Bone Lau, SIP, dan digantikan dengan Kompol Apolinario Da Silva, SH  yang bertugas sejak bulan September 2019 hingga sekarang, terdapat 3 bagian yang ada di BNN Kabupaten Belu yakni Sub Bagian Umum, Seksi Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat, Seksi Rehabilitasi, dan Seksi Pemberantasan.